Bivši predsjednik Stjepan Mesić izjavio je da je primanjem umirovljenih generala u Uredu predsjednika, nakon oslobađajuće presude u slučaju generala Gotovine i Markača, Ivo Josipović dezavuirao njegovu odluku o umirovljenju.
- Ja nikada ne bih pozvao umirovljenje generale koji su pamfletom išli protiv sustava, a posebno još u uniformama da dođu na prijem- kazao je Mesić u razgovoru za Hrvatski radio.Na pitanje je li time Josipović dezavuirao njegovu odluku o umirovljenju i umirovljenim generalima dao legitimitet odgovorio je: Pa ja sam to tako shvatio.On bi, kako je kazao, pozvao generale Gotovinu i Markača s njihovim obiteljima i odvjetnicima i porazgovarao.
Nekadašnji šef hrvatske države je 30. rujna 2000. umirovio sedam aktivnih generala, potpisnika otvorenog pisma u kojem su dvanaestorica hrvatskih generala pozvala najodgovornije osobe i ustanove države, a posebice medije, da se odupru negativističkom i neistinitom prikazivanju Domovinskoga rata. Tada su u prisilnu mirovinu upućeni admiral Davorin Domazet Lošo, general bojnik Mirko Norac, general pukovnik Krešimir Ćosić, general pukovnik Ante Gotovina, general bojnik Damir Krstičević, general bojnik Ivan Kapular i general bojnik Milenko Filipović. Mesić je tada objasnio da je to učinio jer su se odlučili za politiku, a da vojska mora biti depolitizirana. Za svoju ulogu u ICTY-u je rekao da je nikakva te je izrazio žaljenje što se Gotovina nije odazvao njegovom pozivu na razgovor preko novinara Ive Pukanića. Mesić pretpostavlja da bi se priča s Gotovinom, da se odazvao i da je imao priliku razgovarati s haškim istražiteljima, završila kao u slučajevima generala Imre Agotića i Petra Stipetića. Za tužbu Gotovininih odvjetnika protiv bivše glavne haške tužiteljice Carle del Ponte je kazao da predstavlja gubitak vremena.